كثر الجدل والكلام حول حيادية المرجعية بين الاحزاب وانحيازها للاحزاب في العراق وقفت المرجعية موقف عدم الانحياز للاحزاب الشيعية في الانتخابات العراقية وكانت المرجعية المتمثلة في السيد السيستاني ادام الله ضله الشريف قد وقفت موقف الحيادية في الانتخبات العراقية ولم تنحاز للحزب دون آخر بينما المرجعية في البحرين المتمثلة كما يدعي البعض في الشيخ عيسى قاسم قد انحازت الى قائمة الوفاق او كما سميت بالكتلة الايمانية
في العراق السيد السيستاني عندما يجد ان هنالك اخطاء في الحكومة او في المجلس النيابي يقوم بتوجيه الرسائل والنصائح واحيانا التهديدات للجهات السياسية المعنية بالأمر واكبر مثل على هذه التحذيرات هو قانون الانتخابات الأخير .
بينما في البحرين نجد ان المرجعية وقفت موقف الحيادية في الاخطاء التي ارتكبتها الكتلة التي تعتبر انها تحت قيادة المرجعية المتمثلة في الشيخ عيسى قاسم وكانت هذه الحيادية او الصمت في قانون التقاعد الذي كان حراما في 2005 من قبل المرجعية في البحرين ولانعلم ماموقف المرجعية منه في 2009 ومثل الشيئ حدث مع قانون الاستقطاع الذي يعتبر سرقة لاموال العاملين الفقراء ولم نجد اي نهر او نصيحة او تحذير للكتلة الايمانية بشأن هذا القانون الذي اصرت على تمريرة الكتلة الايمانية
فلم نقول انه يجب على المرجعية ان لا تقف موقف الحيادية في موقف مقابل موقف آخر ونحن في البحرين نقف موقف الحيادية فيما يخالف شرع الله